La iglesia de Santa Clara constituye, con El Carmen y San Francisco, las tres construcciones conventuales mas importantes que ha conservado la Ciudad de Atlixco. La fachada de la iglesia esta alineada a lo largo de la calle que llevaba el mismo nombre y, que actualmente se llama la Libertad, viendo al poniente; sucesivamente vemos la fachada del convento, la torre y las y las dos portadas iguales, típica disposición de los monasterios de monjas, enmarcando la puerta de entrada en la parte baja cuatro columnas corintias, otras cuatro en la parte alta.
Un rincón frontón, mutilado, corona esta portada; el espacio de la puerta central, debió contener una escultura.
La torre es de sección octagonal con columnas salomónicas encuadrando los ventanales. Lo mas bello de todo el conjunto es la cúpula, media naranja poblana con tambor, con ventanas adornadas con pilastras, frontones mensulas y cornisas.
El interior de la iglesia de una sola nave. Esta un bajorrelieve esculpido en madera tallada, dorada y policromado, representando a santa Clara protegiendo a las religiosas. Vemos un San Antonio del siglo XVII, lo mismo que un San Pedro de Alcántara. Hay también un par de acólitos en talla, sosteniendo los ciriales, obra popular del siglo XVII.
Las pinturas que hay se muestran son dignas de mencionar. A los lados del presbiterio dos grandes composiciones, una de ella con la “Asunción de la Virgen”, la otra “la coronación como Reina de los Ángeles”. En ambas vemos detalles fuera de los común, por ejemplo, la virgen sube al cielo al mismo tiempo que su hijo, y en la otra, Cristo que baja de su trono como invitándolo a subír. Obras firmadas por Luis Berruecos.
Vemos también en los muros una Vida de la Virgen en 12 pinturas, copia de grabados. En dos de ellas se ve el nombre de Alonso de azares. Podría ser obras españolas de la segunda mitad del siglo XVII.
Dispersas en la iglesia, existe una seria de cuadros representando escenas de la vida de San Francisco hablando con un gigante, en el segundo vemos a un grupo de religiosas, talvez retratos de las contemporáneas de estos cuadros. Obras de escuela poblana de mediados del siglo XVIII.
El claustro de las Clarisas, nos presenta un magnifico paro, con áreas rebajadas en la parte inferior, y en el claustro alto arco de medio punto. Toda la obra esta echa en ladrillos de perfiles y molduras finamente realizados.