Estos primeros pueblos fundaron así Quaquechollan (Águila que huye) y que tiempo después llamaron Acapetlahuacan, "Lugar de división del señorío".

Su posición geográfica hizo que fuera escenario de luchas entre los diversos grupos indígenas que estaban asentados en los alrededores. Los pueblos de Calpan, Huejotzingo y Cholula se disputaron en diversas épocas la posesión del valle, que a la llegada de los españoles se encontraba bajo el dominio de Huejotzingo.

Hacia 1420 se sostuvieron guerras entre los pobladores de Calpan y los Huejotzincas, quienes finalmente vencieron a los primeros obligándolos a emigrar al sur, donde actualmente es Huaquechula.

La nueva población que fundaron fue también llamada Quauhquechollan, pero para no confundirla con su antiguo asentamiento la denominaron Huehue Quauhquechollan, es decir la "antigua" o la "vieja" Quauhquechollan.

 A la llegada de los españoles, el poblado indígena que existía era Acapetlahuacan.

Al crecer la comunidad española, se realizaron las gestiones necesarias ante la Corona para que se les autorizara la fundación de la Villa de Carrión.

Don Pedro del Castillo Maldonado y Cristóbal Ruiz de Cabrera fundaron la Villa de Carrión, hoy Atlixco , pasando a ser los primeros Alcaldes Ordinarios como consta en la Primera Acta de Cabildo del 22 de septiembre de 1579.

En 1632, la cabecera fue designada independiente de Huejotzingo con 11 poblaciones a su cargo, y el 13 de marzo de 1706 se convirtió en una especie de señorío.

 
La fertilidad del Valle hizo que la Villa de Carrión pronto fuera una importante zona agrícola, convirtiéndose ya para principios de siglo XVII en el primer granero de la Nueva España lo que llamó la atención de órdenes religiosas como la de los franciscanos, agustinos, carmelitas, mercedarios, juaninos y la de las monjas clarisas, que llegaron hasta el valle para edificar sus conventos.

El 14 de febrero de 1843, Nicolás Bravo, presidente de México, elevó la Villa de Carrión a la categoría de ciudad, con el nombre de Ciudad de Atlixco por su participación en el proceso de Independencia poniendo fin al dominio español.

El 19 de octubre de 1847 el batallón Libres de Atlixco al frente del general Joaquín Rea hacen frente a la intervención Norteamericana que un mes antes habían ocupado la capital mexicana logrando vencerlos.

E 4 de mayo de 1862 durante la Segunda Intervención Francesa en México, en la hacienda de La Trapera los atlixquenses y elementos del ejército mexicano de la república, al mando de los Generale Antonio Carvajal y Tomas O´Horan se enfrentaron a las tropas al servicio del Segundo Imperio Mexicano comandadas por el Gral. José María Cobos y de Leonardo Márquez  compuesta de soldados conservadores mexicanos en apoyo de envió de refuerzos para llevar a cabo la Batalla de Puebla. Esta batalla culminó con una victoria republicana, debido a esto, el grupo conservador de Márquez no pudo lograr su objetivo de auxiliar al dia siguiente a las tropas francesas del Conde de Lorencez en la batalla de Puebla.

Por lo cual, el gobierno de Juárez consideró que sin el triunfo del 4 de Mayo en Atlixco no hubiera sido posible la victoria de la batalla de Puebla en los Fuertes de Loreto, el 5 de mayo de 1862. Por este motivo, el 20 de noviembre de 1998, el Congreso del Estado de Puebla declaró a Atlixco Heroica Ciudad.

En 19890 debido al acervo cultural, arquitectónico y natural con el que se cuenta, es decretada como ZONA TIPICA MONUMENTAL con la finalidad de preservar este importante patrimonio, evitando así que se siga deteriorando.

Fuentes de información:

www.atlixco.gob.mx
ATLIXCO en la macrohistoria Prof. Héctor Silva Andraca
ANTIGUA VILLA DE CARRIÓN Marco Díaz
XELHUA Ricardo Pérez Quitt
Los Municipios de Puebla